Pengusaha Kena Pajak dapat melakukan pembatalan atas faktur pajak yang sudah diterbitkan. Pembatalan faktur pajak oleh PKP dapat dilakukan apabila terdapat kesalahan atau pembatalan transksi, antara lain yakni ;

1. Kesalahan dalam menginput Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) lawan transaksi, sehingga NPWP rekan yang dikenai pajak tidak dapat diverifikasi.
2. Adanya transaksi yang salah, baik dalam sisi jumlah barang/jasa maupun harga
3. Adanya transaksi yang dibatalkan atau ditunda. Hal ini akan berpengaruh pada tanggal pajak diberlakukan dan jumlah pajak.

Konsekuensi ini adalah, PKP tidak bisa lagi menggunakan Nomor Seri Faktur Pajak (NSFP) untuk transaksi selanjutnya.

Pembatalan faktur pajak diatur dalam Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-24/PJ/2012. Terdapat syarat dan ketentuan yang tertera dalam peraturan tersebut, antara lain :

1. Pembatalan faktur pajak harus dilengkapi dengan bukti berupa dokumen yang membuktikan adanya pembatalan transaksi. Bukti yang dimaksud bisa berupa pembatalan kontrak atau dokumen lain yang menunjukkan adanya pembatalan transaksi.
2. Faktur Pajak yang dibatalkan harus tetap disimpan oleh PKP Penjual yang menerbitkan Faktur Pajak tersebut sebagi dokumen arsip.
3. PKP penjual yang membuat pembatalan faktur pajak harus mengirim surat pemberitahuan dan salinan faktur pajak yang dibatalkan ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP) tempat PKP tersebut dikukuhkan dan ke KPP tempat PKP pembeli dikukuhkan.
4. Jika PKP Penjual belum melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan di dalam SPT Masa PPN, maka PKP penjual harus tetap melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPnBM.
5. Dalam hal PKP Penjual telah melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN sebagai Faktur Pajak Keluaran, maka PKP penjual harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak yang bersangkutan, dengan cara melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPnBM.
6. Dalam hal PKP Pembeli telah melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN sebagai Faktur Pajak Masukan, maka PKP Pembeli harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak yang bersangkutan, dengan cara melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPnBM.
7. Pembatalan faktur pajak dilakukan oleh pihak penerbit faktur namun saat faktur pajak telah dikreditkan oleh konsumen maka pembatalan harus dengan menunggu konfirmasi persetujuan dari konsumen.

Ini dapat dilakukan sepanjang Surat Pemberitahuan (SPT) masa PPN dimana faktur pajak yang dibatalkan tersebut dilaporkan masih dapat dilakukan pembetulan sesuai dengan ketentuan yang berlaku.

Dalam hal pembetulan SPT masa PPN dapat dilakukan sepanjang terhadap SPT masa PPN dimana faktur pajak yang dibatalkan tersebut dilaporkan belum dilakukan pemeriksaan, belum dilakukan pemeriksaan bukti permulaan yang bersifat terbuka, dan/atau PKP belum menerima Surat Pemberitahuan Hasil Verifikasi.