Pemindahbukuan merupakan suatu proses memindahbukukan penerimaan pajak untuk dibukukan pada penerimaan pajak yang sesuai.  Dalam hal terjadi kesalahan pembayaran atau penyetoran pajak, Wajib Pajak dapat mengajukan permohonan pemindahbukukan kepada Direktorat Jendral Pajak.

Pada Pasal 16 PMK-242/PMK.03.2014 diatur bahwa Pemindahbukuan dapat dilakukan karena hal berikut antara lain :

1. Adanya kesalahan dalam pengisian formulis SSP, SSPCP, baik menyangkut Wajib Pajak sendiri atau Wajib Pajak lain. Kesalahan dalam pengisian formulir SSP dapat berupa kesalan dalam pengisian NPWP dan/atau nama Wajib Pajak, NOP dan/atau letak objek pajak, kode akun pajak, kode setoran, nomor ketetapan atau jumlah pembayaran.
2. Adanya kesalahan dalam pengisian data pembayaran pajak yang dilakukan melalui system pembayaran secara elektronik sebagaimana tertera dalam BPN. Kesalahan dalam pengisian data pembayaran pajak yang tertera dalam BPN dapat berupa kesalahan alam pengisian NPWP dan/atau nama Wajib Pajak, NOP dan/atau letak objek pajak, kode akun pajak, kode setoran, nomor ketetapan atau jumlah pembayaran.
3. Adanya kesalahan perekaman atas SSP, SSPCP, yang dilakukan Bank Persepsi/Pos Persepsi/Bank Devisa Persepsi/Bank Persepsi Mata Uang Asing. Kesalahan perekaman oleh petugas Bank Persepsi/Pos Persepsi/Bank Devisa Persepsi/Bank Persepsi Mata Uang Asing terjadi apabila data yang tertera pada lembar asli SSP, SSPCP, berbeda dengan data pembayaran yang telah divalidasi oleh Bank Persepsi/Pos Persepsi/Bank Devisa Persepsi/Bank Persepsi Mata Uang Asing.

Dalam Pasal 16 ayat (8-9) PMK-242/PMK/03/2014 diatur pembayarannya yang dapat dipindahbukukkan dan yang tidak dapat dilakukan pemindahbukukan, antara lain :

• Pembayaran yang dapat dilakukan pemindahbukuan adalah pembayaran pajak yang dilakuakan dengan SSP, SSPCP, BPN, dan Bukti Pbk dapat dilakuakn ke pembayaran PPh, PPN, PPnBM, PBB, dan Bea Materai.
• Sedangkan yang tidak dapat dilakukan pemindahbukuan adalah dalam hal :

1. Pemindahbukuan atas SSP yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak, yang tidak dapat dikreditkan berdasarkan ketentuan Pasal 9 ayat (8) UU PPh
2. Pemindahbukuan ke pembayaran PPN atas objek pajak yang harus dibayar sendiri oleh wajib pajak dengan menggunakan SSP yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak, atau
3. Pemindahbukuan ke pelunasan Bea Materai yang dilakukan dengan membubuhkan tanda Bea Materai Lunas dengan mesin teraai materai digital.

Jangka waktu penyelesaian permohonan pemindahbukuan sesuai standar pelayanan berdasarkan KEP-378/PJ/2013, adalah paling lama 30 hari.